Музея медицины как самостоятельного заведения пока не существует. Все они являются дополнительными учреждениями при университетах, академиях, медицинских научных сообществах или больницах. Создателями и хранителями, а также экскурсоводами выступают сотрудники этих учреждений. В первую очередь такие музеи предназначены для специалистов, студентов и для старшеклассников, которые в будущем хотят связать свою жизнь с медициной. Выставочные экспонаты показывают историю развития медицины, достижения великих врачей.

Музей в Первом Московском государственном университете им. И.М. Сеченова – старейший медицинский вуз России – рассказывает о его истории, а также истории российской медицины в целом. 

Музей истории медицины Московского государственного медико-стоматологического университета имени А.И. Евдокимова рассказывает не только историю университета, но и знакомит с уникальной коллекцией по истории зубоврачевания.

Музей сердечно-сосудистой хирургии Научного центра сердечно-сосудистой  хирургии им. А.Н. Бакулева РАМН – единственный в мире музей сердечно-сосудистой хирургии. В нём собраны раритетные издания хирургических книг XVIII–XIX веков, хирургические инструменты и аппараты, самые большие в мире коллекции искусственных клапанов сердца и кардиостимуляторов. В музее воссоздана операционная 1950-х годов с работающим механическим операционным столом, за которым стоял сам Александр Бакулев.

Музей истории Московской городской психиатрической больницы им. Н.А. Алексеева. В музее представлены материалы по историческому прошлому психиатрической больницы им. Н.А. Алексеева.

Музей истории общин сестер милосердия находится на территории Первой градской больницы в Свято-Димитриевском училище сестер милосердия. Несмотря на небольшие размеры, музей удивительно разнообразен. Здесь можно увидеть самые разные экспонаты – начиная от формы сестёр милосердия XIX–XX веков и заканчивая орденами великих российских врачей и даже церковной утварью.