Проект «Медицинский класс в московской школе» объединяет усилия учителей московских школ, открывших медицинские классы, ресурсы всех сетевых учреждений Департамента образования и науки города Москвы и лучших специалистов Первого МГМУ им. И.М. Сеченова и РНИМУ им. Н.И. Пирогова. Для координации действий всех участников проекта создан проектный офис.
Оператором проекта является Городской методический центр Департамента образования и науки города Москвы.