Проект «Медицинский класс в московской школе» реализуется Департаментом образования и науки города Москвы и Департаментом здравоохранения города Москвы на базе московских школ при участии профильных вузов, медицинских колледжей и столичных учреждений здравоохранения.

Оператором проекта является Институт развития профильного обучения Государственного автономного образовательного учреждения высшего образования города Москвы «Московский городской педагогический университет».